La constitución establece la libertad religiosa, y el gobierno generalmente ha respetado ese derecho en la práctica. Sin embargo, la discriminación de unos grupos religiosos minoritarios y el trato desigual hacia ellos sigue siendo un problema, lo cual se debe tal vez a la estructura legal y constitucional de las relaciones entre la iglesia y el estado. La estructura para administrar las relaciones entre la iglesia y el estado, que se estableció en 1949, se fue adaptando en forma gradual a la creciente diversidad religiosa del país.
A las organizaciones religiosas no se les exige que se registren con el gobierno, y los grupos tienen la libertad de organizarse para fines religiosos privados sin ninguna restricción. No obstante, la mayoría de las organizaciones religiosas están registradas y se les trata como asociaciones sin fines de lucro, por lo cual disfrutan de una categoría que las exenta de pago de impuestos.
La religión y el estado están separados, aunque existe una sociedad especial entre el estado y las comunidades religiosas que tienen la categoría de "corporación bajo la Ley Pública". Toda organización religiosa puede solicitar que se le otorgue la categoría de "corporación de Ley Pública", lo cual, entre otras cosas, les da el derecho de nombrar capellanes en las cárceles, los hospitales y la milicia, y de recaudar diezmos (un promedio del 9 por ciento de impuesto del ingreso) de sus miembros que el estado cobra. Se estima que 180 grupos religiosos han recibido dicha categoría, inclusive la iglesia evangélica y la católica, la comunidad judía, los mormones, los adventistas del séptimo día, los menonitas, los bautistas, los metodistas, los cientistas cristianos y el Ejército de Salvación.
Por razones culturales e históricas, el estado ofrece subsidios a algunas organizaciones religiosas. Concretamente, debido a la culpabilidad alemana en el Holocausto, el estado ha aceptado tener la obligación permanente de brindar apoyo económico a la comunidad judía, incluso ayuda para la reconstrucción de sinagogas antiguas y la construcción de nuevas. La reparación y restauración de algunos monasterios e iglesias cristianas, que fueron expropiados por el estado en 1803, son financiadas por el gobierno. Las nuevas iglesias y mezquitas normalmente no reciben subsidios para su mantenimiento o construcción. Los gobiernos estatales también subsidian a diversas instituciones afiliadas con las corporaciones de Ley Pública, tales como escuelas y hospitales religiosos que ofrecen servicios públicos.
El Acuerdo del Estado para la Cooperación firmado en 2003 por el gobierno federal y el Consejo Central de los Judíos tiene como fin complementar los recursos que la comunidad judía recibe del estado. Cada año, se proporciona una cantidad aproximada de 3 millones de euros al Consejo Central a fin de conservar el patrimonio cultural de los judíos, fortalecer a la comunidad judía y dar apoyo a la integración y al trabajo social. El Consejo Central rinde un informe anual al gobierno sobre el uso de los recursos. El acuerdo hace hincapié en que el Consejo Central de los Judíos tiene por objeto dar apoyo a todas las ramas del judaísmo con los recursos que se brindan.
La mayoría de las instituciones educativas ofrecen instrucción religiosa protestante y católica, en cooperación con las iglesias de esas denominaciones, así como instrucción sobre el judaísmo si una cantidad suficiente de estudiantes muestra interés. Según como lo pidan los estados, se ofrecen cursos u horas de estudio de ética no religiosa a los estudiantes que no deseen obtener instrucción religiosa.